Vào đầu những năm 1930, anh em nhà Horten đã quan tâm tới những thiết kế kiểu flying wing và coi đây là một phương pháp để cải thiện hiệu suất của các tàu lượn. Chính phủ Đức đã tài trợ cho các câu lạc bộ tàu lượn vào thời điểm đó do việc sản xuất máy bay quân sự và thậm chí là các máy bay có động cơ đã bị cấm theo các điều khoản của Hiệp ước Versailles sau Chiến tranh Thế giới I. Các bố trí flying wing loại bỏ bất kỳ bề mặt ‘"không cần thiết" nào và theo lý thuyết thì nó sẽ gây ra ít lực cản nhất. Cấu hình chỉ có cánh cho phép tàu lượn có hiệu suất tốt hơn, nó có cánh ngắn hơn do đó chắc chắn hơn, và sẽ không tăng thêm lực kéo vào khung thân. Kết quả của các nghiên cứu đó là Horten H.IV.

Năm 1943, Thống chế Göring đã ban hành một yêu cầ đối với các đề xuất thiết kế để sản xuất một máy bay ném bom có khả năng mang một trọng tải 1.000 kg (2.200 lb) có tầm hoạt động 1.000 km (620 dặm) với vận tốc 1.000 km/h (620 mph), và gọi là ‘’Đề án 3 X 1000’’. Các máy bay ném bom thông thường của Đức có thể tấn công tới các trung tâm chỉ huy của quân Đồng minh ỏa Anh, nhưng bị thiết hại nghiêm trọng khi gặp phải các máy bay tiêm kích của quân đồng mình. Vào thời điểm đó, không có cách nào để đáp ứng các mục tiêu đó — động cơ phản lực Junkers Jumo 004B mới có thể đáp ứng yêu cầu về vận tốc, nhưng có mức tiêu thụ nhiên liệu quá lớn.

Anh em nhà Horten kết luận rằng thiết kế flying wing có lực kéo thấp có thể đáp ứng tất cả các yêu cầu trên: bằng cách giảm lực cản, công suất hành trình có thể giảm xuống tới điểm đáp ứng được yêu cầu về tầm hoạt động. Họ đã trình ra đề án tư nhân của mình là H.IX là cơ sở cho mẫu máy bay ném bom mới. Bộ Hàng không Đế chế (Reichsluftfahrtministerium) đã phê chuẩn đề xuất của anh em Horten, nhưng yêu cầu phải bổ sung thêm 2 khẩu pháo 30 mm, do họ cảm thấy máy bay cũng sẽ hữu ích như một chiếc tiêm kích do tốc độ cực đại ước tính cao hơn đáng kể so với bất kỳ máy bay nào của quân Đồng minh.

H.IX có cấu trúc hỗn hợp, phần trung tâm được làm từ ống thép hàn và xà dọc cánh được làm từ gỗ. Cánh được chế tạo từ 2 tấm gỗ dán mỏng tẩm các-bon được dán với hỗ hợp than và mùn cưa. Cánh chỉ có một xà dọc duy nhất, liền với lối hút khí của động cơ phản lực, xà dọc phụ được sử dụng để gắn các cánh lái nhỏ. Nó được thiết kế để chịu hệ số tải 7g và có tỉ lệ an toàn là 1,8x; do đó, máy bay có tỉ lệ tải cao nhất đạt 12,6g. Tỉ lệ dây cung/độ dày của cánh dao động từ 15% ở gốc cánh đến 8% ở đầu cánh.[1] Máy bay sử dụng bộ bánh đáp 3 bánh, bánh đáp ở mũi của 2 mẫu thử đầu tiên bắt nguồn từ hệ thống bánh của một chiếc He 177, mẫu thử thứ 3 sử dụng bộ bánh đáp chính của He 177A nhưng có những tùy chỉnh cho phù hợp. Máy bay cũng có một bộ dù để hãm tốc độ khi hạ cánh. Phi công được trang bị một ghế phóng. Ban đầu máy bay sẽ sử dụng động cơ phản lực BMW 003, nhưng động cơ này chưa sẵn sàng để trang bị và động cơ Junkers Jumo 004 đã được chọn để lắp cho máy bay.[1]

Máy bay được điều khiển nhờ vào những cánh lái nhỏ và cánh lái ngang. Hệ thống điều khiển gồm cả cánh lái ngang sải dài (bên trong) và sải ngắn (bên ngoài), các cánh lái ngang bên ngoài nhỏ hơn sẽ hoạt động trước. Hệ thống này vận hành tốt hơn so với hệ thống cánh lái ngang duy nhất.[1]